En marzo de 1942 se estableció en el campo central Auschwitz I la primera sección para mujeres, separándola del campo de hombres por un muro de ladrillos de dos metros de altura. Las primeras presas fueron 999 mujeres procedentes de Ravensbrück.
El 16 de agosto de 1942 el campo de mujeres en Auschwitz I fue desmantelado y las mujeres fueron traslaladas a Birkenau. Fue entonces cuando se llevó a cabo el primer exterminio en masa de presas. 4000 de las 12.000 internas acabaron gaseadas antes del traslado.
El primer campo de mujeres en Birkenau pronto se quedó pequeño, de forma que tuvo que ser ampliado aprovechando una parte del campo que hasta aquel momento había sido destinado a los hombres. En 1944 el campo de mujeres fue de nuevo ampliado con otras partes del campo de hombres.

En Birkenau sólo se encontraban internadas unas pocas presas políticas alemanas, de forma que el campo disponía de muy pocas "funcionarias". La mayoría de las funcionarias del campo eran prostitutas alemanas. También había unas pocas judías (p. ej. algunas judías eslovacas) que disfrutaban de un estatus especial. Se trataba de una minoría, ya que tanto los judíos como los gitanos y los eslavos eran catalogados de "Untermenschen" (= seres humanos inferiores) dentro de la estructura social de las SS, es decir para las SS no formaban parte de la sociedad humana.

El sufrimiento de las presas en los barracones abarrotados todavía era mayor, si cabe, que el de los hombres, no sólo por la falta de espacio sino también por las medidas e instalaciones sanitarias insuficientes, las infinitas revistas y los malos tratos perpetrados por el personal de guardia de las SS. Muchas de las mujeres-guardias de las SS igualaban en crueldad y en dureza a sus colegas masculinos. Incluso competían por ser los/las más crueles en el trato con los presos. Especialmente temida era la jefa de vigilancia del campo de mujeres, Maria Mandel, que también tomaba parte en las selecciones.

Las mujeres física y psíquicamente se derrumbaban antes que los hombres, convirtiéndose por ello también antes en un "musulmán". La media de esperanza de vida de las mujeres en el campo era en un 50% inferior a la de los hombres. Sólo la esperanza de vida de aquellas mujeres que formaban parte de los "buenos comandos de trabajo" era superior (p. ej. en la cocina, en la sastrería, de asistenta en la familia del comandante, de escribiente en la sección política, etc.) Todas las demás presas tenían que realizar (al igual que los hombres) los trabajos más penosos.

Las mujeres también estaban obligadas a prestarse a experimentos pseudomédicos. Destacaban especialmente por su crueldad los médicos Dr. Schumann (esterilización con rayos X), Dr. Clauberg (esterilización con preparados químicos, inseminación artificial de las mujeres, castración de los hombres) y Dr. Mengele (experimentación con gemelos, investigación racial en gitanos y enanos).