La conferencia tuvo lugar por iniciativa de Reinhard Heydrich, jefe de la policía de seguridad alemana y del SD (Servicio de seguridad de las SS). El objetivo de la conferencia fue aclarar algunas cuestiones fundamentales en cuanto a la solución final del problema judío en Europa.

En julio de 1941, Heydrich había sido encargado oficialmente por el mariscal del Reich, Hermann Göring, de presentar un proyecto global respecto a las medidas organizativas, pertinentes y materiales a tomar para llevar a cabo la deseada solución final del problema judío. Por primera vez se usó el término "solución final", en un escrito que trataba de la organización prevista respecto a estas medidas. Con ello se pretendía llevar a cabo el casi total exterminio sistemático de los judíos en Europa a través de asesinatos en masa.

En la conferencia de Wannsee, Heydrich tenía la intención de coordinar la organización para llevar a cabo la solución final del problema judío con las correspondientes oficinas y sus departamentos.

Junto a Heydrich participaron 15 personas en la conferencia. Además de los altos funcionarios del partido y los dirigentes de las SS de los departamentos correspondientes y de la Oficina Central de la Seguridad del Reich hicieron acto de presencia: dos representantes del Ministerio del Reich para los territorios ocupados del Este, un representante del Ministerio del Interior del Reich, un representante del encargado del plan de cuatro años, un representante del Ministerio de Justicia del Reich, un representante de la oficina del gobernador general de los territorios polacos ocupados y un representante del Ministerio de Asuntos Exteriores..

El Obersturmbannführer de las SS Adolf Eichmann redactó el acta de la sesión. La lengua de esta acta encubría el verdadero contenido de la conferencia para los no-iniciados, con expresiones eufemísticas como "solución final" en vez de "exterminio" o "evacuación" en vez de "deportación".

Heydrich, como presidente de la conferencia, aclaró el objetivo, hasta entonces vigente, respecto a "la emigración de los judíos" a la cual aquéllos habían sido obligados a través de diversos medios de presión, y también la prohibición de emigración, en vigor desde el 23 de octubre de 1941. Heydrich explicó que, con el visto bueno de Adolf Hitler, la emigración de los judíos había sido sustituida por su evacuación al este y que con ello adquirirían una experiencia práctica en relación a la planificada solución final del problema judío.

Concretamente Heydrich se refería a 11 millones de judíos, teniendo en cuenta que esa cifra también incluía a los judíos procedentes de países con los cuales el Reich no estaba en guerra, como por ejemplo Suecia, España y Suiza. Los judíos procedentes del Reich y del protectorado de Bohemia y Moravia debían ser trasladados primero a ghettos provisionales para ser luego transportados más hacia el este.

Además se debatió en la conferencia que, en vista de la solución final del problema judío, los judíos al 50% debían ser tratados como los judíos (al 100%) o, que en determinados casos, debían ser esterilizados.